Від 18 червня 1663 року Гадяч стає першою столицею Лівобережної України, політичним центром Гетьманщини. Тут розташовується уряд на чолі з Іваном Брюховецьким, зберігаються клейноди, хоругви, військовий скарб. Місто набуває значення центру дипломатії, його визнають уряди польський, московський та інших держав. Гадяч активно розбудовується, оновлюються оборонні та адміністративні споруди. Архітектурний ансамбль доповнює полкова родинна Богоявленська церква.
Дерев’яна споруда на честь Богоявлення Господнього возводиться у 1665–1666 роках. Її часто називають «військовою», можливо, тому що будувалася військовим скарбом. Іконостас же було встановлено коштом гетьмана Лівобережної України Івана Брюховецького: «на котрому під образами Спасителя й Богоматері його герб написаний знаходився».
Поряд із церквою також споруджено дерев’яну дзвіницю, на якій було п’ять дзвонів, для відлиття котрих срібло надала дружина Брюховецького, «с висіченим його гербом та іменем». Найбільший дзвін важив 90 пудів. На одному із дзвонів викарбовано дату «1663 рік» та напис «отливан сей звон в Гадячем».
Після загибелі гетьмана (1668), його останки поховали в цьому храмі.
Наприкінці 40-их років ХVІІІ століття, за ініціативи полковника Петра Галецького загальним коштом на місці старої возвели нову дубову трибанну церкву, до якої перенесли іконостас із давнішньої споруди.
У 1795-му церкву знову перебудували.
Через майже півстоліття храм і дзвіницю розібрали, а прах гетьмана перепоховали у містечку Лютеньці в Успенській церкві, родильній усипальниці полковника Михайла Бороховича.
Причиною перенесення праху послужило те, що Богоявленська церква в той час знаходилася в запустінні. Зберігся місцевий переказ, що при відкритті могили Брюховецького, для перевезення останків його в м. Лютеньку, труна була знайдена висячою на товстих залізних ланцюгах. Так само зробили під час перепоховання в склепі під Успенською церквою.
Богоявленську святиню, на жаль, не відбудовано.
